אוכלוסיית היעל הנובי בחבל המדברי גדלה והתייצבה בשני הדורות האחרונים, אך איומים רבים עדיין מסכנים אותה. בספירה בחבל המדברי ב-2024 נספרו כ-800 יעלים. ברשות הטבע והגנים אמרו כי שקלול של תוצאות הספירות ושל התוצאות מהשנים הקודמות, וכן ניתוח מגמה רב-שנתית, מראים שבשנים אלו גודלה של אוכלוסיית יעל נובי בחבל המדברי התייצב לאחר כמה שנות עלייה, שהחלה ב-2016.
אוכלוסיית היעל הנובי נספרת מדי שנה בשנה. הסיבה לכך כפולה: מין זה נתון בסכנת הכחדה ובד בבד משמש "מין מטרייה" לאזורים הרריים ומצוקיים. לכן, שינוי בגודל אוכלוסייתו עלול להעיד או ולהתריע על שינויים שחלו בשטח מחייתו. הספירה נעשית בארבעה אזורים עיקריים, שבהם מתרכזים היעלים בחבל המדברי: צפון מדבר יהודה, עין גדי, בקעת צין, והרי אילת והערבה.
ברשות הטבע והגנים הסבירו כי בכל אזור ננקטת שיטת ספירה אחרת, אך בכולם נעשית הספירה באתרים ובמסלולים קבועים, שמייצגים את בית הגידול ובכולם היא מדגמית, כלומר אינה מונה את כלל היעלים שבגבולות תפוצת האוכלוסייה.
ניתוח תוצאות ספירות היעלים ב-2008 עד 2024 – המייצגות שני דורות של יעלים – מראה תנודתיות בגודל האוכלוסייה הכולל, אולם באופן כללי בתקופה זו גדל פי 1.6 מספר היעלים שנספרו: מ-500 יעלים בקירוב בשנת 2008 לכ-800 בקירוב ב-2024.
284 יעלים נספרו בצפון מדבר יהודה. בעין גדי נספרו 193 יעלים ובבקעת צין 159 יעלים. בבקעת צין נעשתה ספירה נפרדת של שתי תתי-אוכלוסייה שונות זו מזו – אחת מתרכזת בשטח הטבעי בבקעת צין, שב-2024 נספרו בו 47 יעלים, והשנייה במדרשת שדה בוקר, כלומר בשטח מיושב, שב-2024 נספרו בו 112 יעלים. היעלים במדרשה, יש לציין, הפכו למטרד של ממש. אבל בני האדם במקום למדו לחיות איתם והיעלים נהנים לשוטט בחצרות הבתים. בהרי אילת והערבה ספרו 177 יעלים.
אף שהיום נראה שאוכלוסיית היעלים בחבל המדברי יציבה, יש באזורי מחייתה גורמים רבים הפוגעים ביעלים ומאיימים על אוכלוסייתם, כמו דריסות, ציד לא חוקי, פגיעות מכלבים, מטיילים בשטח והאכלה מכוונת של יעלים, אכילת שרידי מזון – במזבלות, ביישובים ובאזורים מטוילים – וכן אכילת שקיות ומגבונים, העלולים לגרום לחסימות במערכת העיכול של היעלים. על כל אלה יש להוסיף את הפגיעה ביעלים מעבודות פיתוח בשטחים הפתוחים, הגורמות להרס אזורי מחייתם וקיטוע בין אוכלוסיות.
ד"ר טל פולק מחטיבת מדע ברשות הטבע והגנים, אמרה: "היעל הנובי הוא מין חשוב שמלמד אותנו על הבריאות האקולוגית כולה. מדובר במין שנמצא בסכנת הכחדה בעולם. בישראל יש את אחת האוכלוסיות הגדולות ביותר בעולם ולכן יש לנו חשיבות מוסרית לדאוג להמשכיות של מין זה".
