בג"ץ עצר היום (חמישי) את עבודת ועדת החקירה הממלכתית לחקר רכש הצוללות וכלי השיט, בעקבות עתירות שהגישו המוזהרים במסגרת הפרשה - ובהם ראש הממשלה בנימין נתניהו. ההחלטה של בג"ץ תקפה עד החלטה שיפוטית אחרת.
המוזהרים על ידי הוועדה יחד עם הנאשמים בתיק הצוללות עתרו להפסקת עבודת הוועדה עד הכרעה בתיק הפלילי תיק 3000. כל אלה טענו לפגיעה בהליך הפלילי ושיבושו, מפני שישנם עדים מהותיים רבים אשר העידו בפני הוועדה ויוסיפו להעיד - במקביל להיותם עדים בתיק 3000, המתנהל בימים אלה בבית המשפט המחוזי בתל אביב.
בחודש יוני אשתקד שלחה ועדת החקירה, שבראשה עומד השופט בדימוס אשר גרוניס, חמש הודעות אזהרה לגורמים שעלולים להיפגע מהחקירה, ובהם גם נתניהו. מלבדו שלחה הוועדה מכתבי אזהרה גם לשר הביטחון לשעבר משה (בוגי) יעלון, לראש המל"ל בשנים 2015-2013 יוסי כהן, למפקד חיל הים בשנים 2016-2011 רם רוטברג ולאבנר שמחוני, עובד מל"ל בשנים 2016-2010.
בוועדה כתבו כי "מהתמונה המצטיירת בפני הוועדה בשלב זה עולה, כי בנושאים הנחקרים חל שיבוש עמוק בתהליכי עבודה ובמנגנוני קבלת החלטות בשורה של סוגיות רגישות. זאת, תוך יצירת סיכון לביטחון המדינה ותוך פגיעה ביחסי החוץ ובאינטרסים כלכליים של מדינת ישראל".
הוועדה, שההחלטה על הקמתה התקבלה בתקופת ממשלת בנט-לפיד, מונתה לחקור את תהליכי העבודה המקצועיים ואת תהליכי קבלת ההחלטות של הדרג המדיני בנושא הצוללות וכלי השיט, בין השנים 2016-2009, לרבות החלטות מדיניות והתנהלות אל מול גורמי חוץ. הממשלה קבעה כי הוועדה לא תחקור את התנהלותם של נאשמים בהליכים פליליים.
בהודעה שפרסמה הוועדה היא כתבה שבחנה עשרות אלפי מסמכים, קיימה ראיונות רקע וגבתה עדויות מאישים שהיו מעורבים בתהליכים הנחקרים. הוועדה שמעה 41 עדים ו-122 מרואיינים ובחנה עשרות אלפי מסמכים. היא הודיעה שבכוונתה לפרסם בקרוב חלקים בלתי מסווגים מתוך העדויות.
