ההתנגשות בין ראש הממשלה בנימין נתניהו לבין ראש השב"כ רונן בר החלה זמן לא רב לאחר פרוץ המלחמה. בימים האחרונים, גם בצל פרשת "קטאר-גייט", נשמעו קולות בסביבתו של נתניהו שטענו כי אחרי שזה ניסה לשכנע את בר להתפטר - הוא החליט לפטר אותו. ואכן, אמש זימן ראש הממשלה את ראש השב"כ לפגישה דחופה בלשכתו, והודיע לו על הכוונה להביא לממשלה הצעת החלטה על סיום תפקידו.
לאחר הפגישה פירסם נתניהו סרטון שבו פירט את הסיבות להחלטה לפטר את בר. "בכל עת, אבל במיוחד במלחמה קיומית כזו, חייב להיות אמון מלא של ראש הממשלה בראש השב"כ", אמר, "אבל לצערי, המצב הפוך – אין לי אמון כזה. יש לי חוסר אמון מתמשך בראש השב"כ, שהלך וגבר עם הזמן. אני מבקש להבהיר, אני מלא הערכה לנשות ולאנשי השב"כ. הם עושים עבודה מסורה וחשובה למען הביטחון של כולנו. כראש הממשלה שממונה על השב"כ, אני בטוח שהצעד הזה הוא הכרחי לשיקום הארגון, להשגת כל מטרות המלחמה שלנו, ולמניעת האסון הבא".
הדיון בממשלה על פיטוריו של בר צפוי להיות ביום רביעי הקרוב. למרות שכבר הודיע כי לא ישלים קדנציה מלאה, הוא לא התכוון להתפטר לפחות עד חודש מאי - וכדי להדיח אותו מתפקידו לנתניהו מצפה כעת הליך שכולל גם את היועמ"שית גלי בהרב-מיארה, שכבר הודיעה אמש לנתניהו כי אינו יכול לפטר את בר באורח שרירותי, "זאת עד להשלמת בירור התשתית העובדתית והמשפטית שעומדת ביסוד החלטתך ואפשרותך לעסוק בנושא בעת הזו".
בתגובה להודעתו של נתניהו, טען בר כי הוא מתכוון להמשיך בתפקידו. "ברור שהכוונה בהדחתי אינה על רקע 7 באוקטובר", מסר, "השב"כ בראשותי ביצע תחקיר יסודי שמעלה התעלמות ארוכה ומכוונת של הדרג המדיני מאזהרות הארגון. הצורך לתחקר את כלל הגורמים, לרבות מדיניות הממשלה וראש הממשלה, מתבקש לטובת ביטחון הציבור. אם לא אתעקש על כך, עם כל המחירים האישיים שאשלם, אמעל בתפקידי לביטחון המדינה. אחריותי הציבורית היא העומדת בבסיס החלטתי להמשיך בתפקידי בתקופה הקרובה. הציפייה של ראש הממשלה לחובת אמון אישית שתכליתה סותרת את האינטרס הציבורי, היא ציפייה פסולה".
לאחר ההצהרה הזו של בר אמר גורם מדיני: "ראש השב"כ היוצא התבלבל מי כפוף למי. היעדר אמון של ראש הממשלה בראש השב"כ איננו עניין אישי אלא עניין ציבורי מובהק, וההיאחזות של ראש השב"כ בקרנות המזבח פוגעת בשב"כ ובביטחון המדינה. אם למישהו היה ספק בצורך החיוני להעביר את ראש השב"כ מתפקידו - הוא קיבל כעת את התשובה הסופית לכך עם התגובה האנטי-דמוקרטית שבה הוא אומר שהוא, ולא הממשלה, יקבע מתי הוא יסיים את תפקידו".
עוד קודם מסרו גורמים בסביבת ראש הממשלה כי "כל יום בר משגר איום על ראש הממשלה. הוא הילך עליו אימים. זה לגיטימי בכל מדינה דמוקרטית להחליף ראש שב"כ. ראש שב"כ שכשל לחלוטין ב-7 באוקטובר. מספיק שהיה מעיר את כל היישובים ובמיוחד את ראש הממשלה. שלושה ימים לפני 7 באוקטובר הוא טען שחמאס מורתע ושצריך לתת לו הטבות כלכליות".
לדברי הגורמים, "לראש הממשלה אין בו יותר אמון ולכן הוא נאלץ להודיע לו שהוא מתכוון לפטר אותו דרך ישיבת הממשלה. יגידו, בר לוקח אחריות, אז למה לא ראש הממשלה? התשובה היא שיש הבדל בין נבחר ציבור לדרג ממונה. נבחר ציבור, אפשר להביע בו אי-אמון באמצעות הכנסת והבחירות. בר ניסה לחתור תחת ראש הממשלה עם משטרה חשאית שמנסה לתפור חקירות סרק. במצב כזה של חוסר אמון אתה לא יכול להשיג את מטרות המלחמה ולשקם את השב"כ".
התגובות במערכת הפוליטית לא איחרו לבוא. שר האוצר בצלאל סמוטריץ' תמך בהחלטה של נתניהו: "מוטב מאוחר מלעולם לא. החלפתו של ראש השב"כ היא צעד הכרחי ומתבקש". גם יו"ר עוצמה יהודית, איתמר בן גביר, בירך: "אין מקום במדינה דמוקרטית לפקידים שמתנהלים באופן פוליטי לעומתי נגד נבחרי הציבור".
באופוזיציה, מנגד, ביקרו בחריפות. יו"ר האופוזיציה יאיר לפיד אמר כי "נתניהו מפטר את רונן בר רק מסיבה אחת: חקירת קטאר-גייט. פיטוריו בעת הזו הם חוסר אחריות וחוסר מחויבות לגורל החטופים. יש עתיד תעתור נגד הפיטורים האלה, בתזמון הזה, שמטרתם הברורה היא לחבל בחקירה פלילית חמורה של לשכת ראש הממשלה". יו"ר הימין הממלכתי בני גנץ הוסיף: "פיטורי ראש השב"כ הם פגיעה בכינון ישיר בביטחון המדינה ופירוק האחדות בחברה הישראלית משיקולים פוליטיים ואישיים", ויו"ר ישראל ביתנו אביגדור ליברמן קרא לסיום כהונתו של ראש הממשלה: "הרצי בחוץ, רונן בר בדרך, ועכשיו תורו של העומד בראש הפרמידה - ראש ממשלת 7 באוקטובר".
המועמד המוביל של נתניהו לתפקיד ראש השב"כ הוא מ', חבר בצוות המו"מ שהיה עד לאחרונה סגנו של בר. מ' היה אמור לסיים את כהונתו בסמוך לתחילת המלחמה – אך לבקשת ראש השב"כ וראש הממשלה הוא האריך את כהונתו עד תחילת השנה. מ' הוא איש שטח, ערביסט, חובש כיפה שגדל בציונות הדתית ויצא מקיבוץ דתי. הוא בן למשפחה שכולה. את דרכו בשב"כ החל כרכז בגדה המערבית והתקדם עד שהפך לראש מרחב איו"ש וירושלים בשב"כ. במהלך שנותיו בארגון ביצע שורה של תפקידים משמעותיים בחזית סיכול הטרור. בשב"כ בירכו על ההחלטה להעמיד את מ' בראש צוות המו"מ לדוחא.
גורמים בעלי אינטרס ניסו בשבועיים האחרונים לשייכו פוליטית ולרמוז כי הינו מטעם ראש הממשלה. אחרים, לעומת זאת, מספרים שמ' אינו מזוהה פוליטית, שהאנשים הקרובים ביותר אליו לא יודעים את דעותיו ושהוא מאופיין כדמות ממלכתית שממוקדת בעשייה ביטחונית בלבד. מכריו מעידים כי העיסוק התקשורתי כעת סביב תפקידו בצוות, והחשיפה שמלווה אליו, אינם נוחים לו.
באופן טבעי כל אחד משני סגניו של ראש השב"כ הוא מועמד טבעי להחליפו בבוא היום, אבל יש הטוענים שנתניהו לא סתם החזיר את מ' לשירות וביקש ממנו לעמוד בראש צוות המו"מ לדוחא. אם נתניהו אכן יבחר במ' ליורש של בר, המינוי לא צפוי לעבור בצורה חלקה: בשב"כ סגן ראש השירות הוא זה שאחראי על הפעלת הכוח. מ' היה אחראי על כל הפעילות המבצעית של שב"כ לפני 7 באוקטובר ואחריו – ולכן במערכת הביטחון יש לא מעט אנשים שסבורים שהאחריות לכישלון היא עליו, אפילו יותר מראש השב"כ.
