צום גדליה אשר חל היום נקבע לזכרו של גדליה בן אחיקם, שהופקד בידי נבוכדנצר מלך בבל על שארית הפליטה ביהודה לאחר חורבן בית המקדש הראשון.
גדליה נרצח בראש השנה בידי ישמעאל בן נתניה (מלכים ב' כ"ה, כ"ב–כ"ו): "ללמדך ששקולה מיתתם של צדיקים כשרפת בית אלהינו" (מסכת ראש השנה, יח ע"ב), ונקבר מפאת קדושת החג בתאריך ג' בתשרי.
הצום תוקן בידי חכמי ישראל בשנים שלאחר החורבן כחלק מארבעה ימי צום לזכר תאריכים חשובים בתולדות האומה המגוללים שלבים שונים בחורבן הבית והריבונות היהודית בארץ ישראל, מתחילת המצור, בקיעת החומות וחורבן הבית כליל, שמצוינים בשלושה תאריכים אחרים: עשרה בטבת, י"ז בתמוז וכמובן ט' באב.
הצום מתחיל עם עלות השחר ונגמר עם צאת הכוכבים.
