אירוע חריג תפס את תשומת ליבם של מנגנוני הביטחון בישראל בתקופה האחרונה, שעשוי להעיד על ניסיונות של חמאס להיערך לפשיטה ולחדור לישראל: במערכת הביטחון מזהים עלייה חדה בניסיונות של ארגון הטרור להוציא לפועל פיגועים נגד כוחות צה"ל ברצועת עזה - ואף נגד העורף.
ב-ynet וב"ידיעות אחרונות" נחשף כבר לפני כשלושה שבועות כי הפסקת האש במסגרת עסקת החטופים השנייה - שעדיין מחזיקה, למרות שבמשך יותר משבועיים לא שוחררו עוד חטופים - סייעה לחמאס להשתקם במידה מהנזקים שספג במהלך המלחמה, לבנות פלוגות וגדודים שנפגעו, ובעיקר לא לזנוח את תוכנית המתקפה שלו, שאותה הפעיל במפתיע ב-7 באוקטובר 2023.
במשך ההפוגה בלחימה אלפי פעילי חמאס על בחזרה לצפון הרצועה מדרומה, בעקבות נסיגת צה"ל מציר הביתור נצרים ובחסות כחצי מיליון הפלסטינים ששבו לעיר עזה ובנותיה. עשרות אלפים מאותם עזתים מצאו בניינים פגועים או חרבים, מנותקים ממים ומחשמל, ושבו על עקבותיהם לערי העקורים ממערב לחאן יונס, אך אלפי הפעילים הצטרפו לאלפי מחבלים אחרים שנותרו בצפון הרצועה, בעיקר בשכונות העיר עזה, עוד לפני הפסקת האש. במערכת הביטחון העריכו אז כי אלו התארגנו לכדי מסגרות צבאיות חדשות, אך לא באותה רמה שהייתה לזרוע הצבאית לפני הטבח.
ההתארגנות המחודשת עשויה לכלול החלפת מפקדי מחלקות, פלוגות וגדודים, שימוש במנהרות שלא אותרו על-ידי צה"ל ויצירת חללים תת-קרקעיים חדשים, ניקוי מקומות שאליהם שבו אזרחים פלסטינים ממטעני חבלה שחמאס הטמין, ובעיקר יצירת זירות מטענים חדשות. בחלק מהמקומות זוהו גם הטמנות של משגרי רקטות ואותרו פריסות של מצלמות מעקב, כדי לשמש תצפית עבור המחבלים. ניתן להניח שבחמאס הפיקו לקחים רבים מהתמרון הצה"לי ומהפשיטות החוזרות, עם שורה אחת תחתונה: חמאס לא הפעיל את כל 30 אלף הפעילים הרשומים שהיו לו ערב המלחמה, ולא השתמש בהם לאורך יותר משנה של עימות קרקעי עם צה"ל, מתוך הבנה שהוא נותר לבד ולא יוכל לתמרון צה"לי מלא - אחרי שחיזבאללה נטש אותו ולא נפתחה נגד ישראל מלחמה מכמה זירות במקביל.
במקביל, זוהה בצה"ל כי חמאס מנצל את הציר האזרחי-שלטוני כדי להשתקם צבאית וכלכלית. במהלך הפסקת האש ארגון הטרור נאחז מחדש בעיריות ברחבי הרצועה ובשירותים המוניציפליים שמקבלים הפלסטינים, לרבות מוסדות חינוך ורווחה. פעילי חמאס גם פרסו מחסומים באזורים רבים ברצועה כדי להקדים חמולות מקומיות ועבריינים, ולהשתלט על מאות טונות של מזון, דלק ומים שישראל הכניסה מדי יום לרצועה כחלק מההסכם. הארגון חידש גם את מנגנון המיסוי שלו, וגבה מהאזרחים תשלומים בעבור שירותי הסיוע ההומניטרי, בין היתר כדי לחדש את השכר לפעיליו.
"כל יום של הפסקת אש עוזר לחמאס לשנע פעילים ומפקדים ולהעביר הנחיות", אמרו אז בצה"ל. "יש לו פערים גדולים בציוד לחימה, באנשים ובפיקוד ושליטה, בגלל הפעולה של צה"ל והיעדר משאבים חדשים, אבל יש עוד עבודה רבה בדרך להכרעת חמאס".