סמוך ל-03:00 לפנות בוקר היום (שישי) הפעילו בפיקוד העורף התרעות בכל רחבי הארץ, במטרה ליידע את תושבי המדינה על פתיחת המתקפה על איראן - מתוך הנחה כי היא עלולה להגיב מיד במתקפה מסיבית משלה, שתכלול מאות טילים על ישראל. אלא שבפועל, ההתרעות יצרו בהלה רבה לשווא.
מדיווחים שהגיעו ל-ynet מתברר כי ההודעות שנשלחו לטלפונים הניידים לא היו אחידות. חלק מהאנשים קיבלו התרעה שהורתה להם לשהות בסמיכות למרחב מוגן, ואילו אחרים קיבלו התרעות על רעידת אדמה - עליה אמרו בצה"ל: "הודעת רעידת האדמה הייתה של גוגל למכשירים מבוססי אנדרואיד ללא קשר לפיקוד העורף. עקב הפיצוצים העזים באזור איראן, המערכת של גוגל העריכה שמתרחשת רעידת אדמה ועל כן פעלה".
בנוסף, נשלחו הודעות תחת הכותרת "התרעת חירום: חמורה ביותר", שלוותה בצליל חזק ומעורר חרדה, והופעלו אזעקות - מה ששלח אזרחים רבים בבהלה למרחבים המוגנים על אף שלא נדרשו לכך. חלקם אף נפצעו בדרך לשם.
בצה"ל הסבירו כי ההחלטה להפעיל את האזעקות תואמה מראש ועברה את כל האישורים הרלוונטיים, ולא התקבלה עם תחילת המתקפה. זאת, כאמור, בשל אי-הוודאות לגבי התגובה - והעדפת התרחיש שלפיו כלל האזרחים יערכו מבעוד מועד לשהייה ליד מרחב מוגן. בדיעבד, בצה"ל מודים כי הופתעו לטובה מכך שלא הייתה תגובה מיידית מצד איראן.
עם זאת, למרות הכוונה הטובה, הביצוע היה לקוי. ראוי היה שבמקרה של היערכות מראש להתרעה מקדימה שמטרתה ליידע את תושבי המדינה במתרחש ולבקש את עירנותם בלבד - תנוסח הודעה שמבהירה את המצב היטב, עם נוסח אחראי ששומר על ביטחונם של התושבים ולא יוצר בהלה מיותרת.
כמו כן, בשעות הבוקר נשלחו מאפליקציית פיקוד העורף הודעות שהבהירו לאזרחים כי אין עוד צורך לשהות בסמיכות למרחב מוגן - אבל, כפי שנכתב, לא כולם קיבלו התרעה מוקדמת לשהות בסמוך להם. הודעת החזרה לשגרה נשלחה לאחר שיורטו כלל השיגורים לעבר מדינת ישראל, עוד לפני שהגיעו לשטחה.
הדבר יצר בלבול רב, ובצה"ל יתחקרו את האירוע במטרה לפעול בצורה טובה יותר בפעם הבאה - ולסנכרן בין ההודעות שנשלחות לניידים ובין הודעה שתצא לגופי התקשורת עם פרטי האירוע ונסיבות ההתרעה.
כרגע מדגישים בצה"ל כי הושגה שליטה על המצב, וישנה היערכות ליירוט טילים שישוגרו לישראל מחוץ לשטחה. במידה ויהיה צורך בכך, תינתן התרעה מספקת להיכנס למרחב מוגן.